O objetivo específico do curso é formar mestres qualificados para atuar nos aspectos técnicos da condução de pesquisas clínicas, aumentando a capacidade da Fiocruz e demais servidores das esferas municipais, estaduais ou federais e profissionais da iniciativa privada nessa atividade. O Mestrado Profissional, com duração de 24 meses, prioriza o desenvolvimento de projetos que resultem em produtos passíveis de aplicação prática e imediata na melhoria da qualidade dos setores nos quais o aluno desenvolve suas atividades profissionais. O público-alvo é formado por profissionais de nível superior, em qualquer área de graduação que tenham vínculo profissional de qualquer tipo (servidor público, CLT, bolsa de fundação de apoio, empresa ou cooperativa) ou autônomo com situação profissional regularizada com registro em seu conselho (CRM, CRMV, COREM, CRF entre outros) que proponham o desenvolvimento do projeto do mestrado profissional no seu local de trabalho ou no local de trabalho do orientador, relacionado a uma das linhas de pesquisa do MPPC.